Der Klassiker Cave Story, der vor sieben Jahren auf dem PC veröffentlicht wurde, kommt auch für den Nintendo 3DS. Der Unterschied zwischen dem originalen Cave Story und Cave Story 3D ist, dass die Umgebungen komplett in 3D sind und nicht mit in 2D.
Der Stil aber soll definitiv beibehalten werden, so dass es letztendlich ein zweidimensionalen, seitwärts scrollendes Actionspiel ist. Cave Story 3D basiert hauptsächlich auf dem Orignal. Wann das Spiel für den Nintendo 3DS erscheinen wird, ist noch nicht bekannt.